Penggunaan manajemen referensi seperti Mendeley dianggap penting dalam penulisan skripsi karena memiliki beberapa keuntungan yang bermanfaat bagi civitas akademika. Pertama, manajemen referensi dapat memudahkan proses pengutipan sitasi. Ketika seseorang menulis skripsi, dia harus mencantumkan sumber-sumber yang digunakan dalam penelitiannya. Dengan menggunakan manajemen referensi, seseorang dapat dengan mudah mencatat semua sumber yang telah digunakan, sehingga proses pengutipan sitasi menjadi lebih cepat dan efisien. Manajemen referensi juga dapat membantu civitas akademika dalam mengelola referensi dengan baik. Manajemen referensi memungkinkan seseorang untuk menyimpan dan mengelola semua sumber yang digunakan dalam satu tempat yang terorganisir dengan baik, sehingga mudah diakses saat dibutuhkan.

Ini sangat berguna ketika seseorang sedang menyusun daftar pustaka atau melakukan revisi terhadap skripsi yang telah ditulis. Selanjutnya, manajemen referensi juga dapat meminimalisasi terjadinya plagiasi. Plagiasi adalah tindakan menjiplak karya orang lain tanpa memberikan sumber yang sesuai. Penggunaan manajemen referensi memungkinkan seseorang untuk dengan mudah memeriksa apakah skripsi yang ditulis memiliki kesamaan dengan sumber lain atau tidak. Jika terdapat kesamaan yang tidak sesuai, seseorang dapat segera memperbaiki dan mencantumkan sumber yang sesuai sebelum skripsi tersebut diajukan untuk ditinjau.

Ada banyak aplikasi Reference Manager yang bisa digunakan untuk membantu mengelola referensi penelitian. Beberapa aplikasi yang umum digunakan saat ini adalah EndNote, Mendeley, dan Zotero. Mendeley merupakan aplikasi yang memiliki fitur yang hampir sama dengan EndNote. Selain mengelola referensi penelitian, Mendeley juga menyediakan fasilitas untuk menyimpan file dan mengaksesnya dari berbagai perangkat. Selain itu, Mendeley juga memiliki fitur yang memungkinkan pengguna untuk berbagi referensi dengan rekan penelitian lainnya. Zotero merupakan aplikasi yang juga populer digunakan untuk mengelola referensi penelitian. Aplikasi ini memiliki fitur yang memudahkan pengguna untuk menambahkan referensi dari berbagai sumber, seperti jurnal, buku, dan artikel online. Selain itu, Zotero juga menyediakan fitur yang memungkinkan pengguna untuk membuat daftar pustaka dalam berbagai format.

Untuk mempermudah mahasiswa PGMI dalam menyelesaikan tugas terutama yang terkait dengan penulisan artikel ilmiah, maka pengelola prodi PGMI, FITK, UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta memberikan pelatihan workshop manajemen referensi kepada mahasiswa semester 4. Pelatihan ini mengenalkan Mendeley dan Zotero, dengan menghadirkan 4 narasumber alumni PGMI, yaitu Uswatun Chasanah, M.Pd, Yoga Catur Prasetiyo, M.Pd, Shinta Melia Khoirini’mah, S.Pd dan M. Fikruzzaman Makarim, S.Pd. kegiatan yang disetting menjadi 2 sesi, ini dimoderatori oleh Erviana Rahma Yunisa, S.Pd untuk sesi Zotero, sedangkan Siwi Aminah Pangestu, S.Pd memoderatori untuk sesi Mendeley.(v3)